Noong natapos lamang ang panahong Kastila at sinakop ng mga Amerikano ang kapuluan noong 1898 na pinayagan ang mga Hudyo na opisyal at bukas na manampalataya bilang mga Hudyo.Nang maging pag-aari ng Estados Unidos ang Pilipinas, pinakinabangan ng mga Amerikanong Hudyo ang bagong hanggahang ito.

Kilala bilang mga Marano o "Bagong Kristyano", sinamahan ng mga kripto-Hudyong ito ang mga Kastilang kongkistador na nagmulang nanirahan sa mga daungan sa Malayong Silangan, kasama na ang Maynila.

Dumating sa Pilipinas noong dekada 1590 ang dalawang "Bagong Kristyanong" magkakapatid na sina Jorge at Domingo Rodríguez.

Pagka-1593 nalitis at nahatulan ang dalawa sa isang auto da fe sa Lungsod ng Mehiko dahil walang nagsasariling tribunal ang Ingkwisisyon sa Pilipinas.

Ang kauna-unahang permanenteng paninirahan ng mga Hudyo sa Pilipinas noong panahong Kastila ay nagmula sa pagdating ng tatlong magkakapatid na Levy mula sa Alsace-Lorraine, na tumakas mula sa kinalabasan ng Digmaang Prangko-Ruso noong 1870.

Bilang mga mannenegosyo, kasama sa kanilang mga negosyo ang pagbenta ng alahas, merchandising, importasyon at eksportasyon ng mga hiyas, gamot, at, pagdating ng panahon, mga kotse.

Nagbigay ang pagbukas ng Kanal Suez noong 1869 ng mas tuwirang rutang pangkalakalan sa pagitan ng Yuropa at ng Pilipinas, at lumago ang mga negosyo sa kapuluan at pati na rin ang bilang ng mga Hudyo dito.Sinamahan ang mga Levy ng mga Turko, Siryo, at Ehipsyong Hudyo, na naglikha ng isang halo-halong populasyong Hudyo ng mahigit-kumulang limampung indibidwal sa pagtapos ng panahong Kastila.Itinapon ng Ingkwisisyon ang mga Rodríguez sa bilangguan ang hinatulan din ang walo o higit pang mga "Bagong Kristyano" sa Pilipinas.Ito ang mapanganip na kalagayan ng mga Hudyo sa Pilipinas.Nanatiling maliit at di-organisado ang pamayanang Hudyo sa mga susunod na dantaon ng pamamahalang Kastila.Hindi pinayagan ng batas ng Kastilang Pilipinas ang pagkakaroon ng isang organisadong pamayanang Kastila.